Sau Kỷ Băng hà, khoảng 8.000 năm TCN, đã có nhiều người sống ở vùng ngày nay là Stockholm, nhưng khi nhiệt độ hạ xuống, những người này di chuyển xuống phương Nam. Hàng ngàn năm sau, khi băng ở mặt đất tan, khí hậu trở nên dễ chịu hơn, và đất trở nên màu mỡ, một số người quay lại phương Bắc. Tại nơi giao nhau của biển Baltic và hồ Mälaren là một khu vực quần đảo nơi Phố cổ của Stockholm được xây dựng lần đâu khoảng năm 1000 CN bởi người Viking. Họ đã có một tác động thương mại tích cực đến với khu vực do các tuyến thương mại mà họ tạo ra.

Vị trí của Stockholm xuất hiện trong Saga với tên Agnafit, và trong Heimskringla có liên quan đến vị vua thần thoại Agne. Lời đề cập sớm nhất về tên Stockholm bắt nguồn từ năm 1252, vào thời điểm mà những khu mỏ ở Bergslagen khiến nó trở thành một vị trí quan trọng trong việc giao thương sắt. Phần đầu của tên thành phố (stock) nghĩa là khúc gỗ trong tiếng Thụy Điển, mặc dù nó có thể có liên quan đến từ trong tiếng Đức cổ (Stock) nghĩa là pháo đài. Phần thứ hai ở tên (holm) nghĩa là đảo nhỏ, và mọi người nghĩ nó đề cập đến đảo nhỏ Helgeandsholmen ở trung tâm Stockholm. Theo Eric Chronicles thành phố này được thành lập bởi Birger Jarl để bảo vệ Thụy Điển khỏi những cuộc xâm lược từ biển của người Karelia sau trận Sigtuna trên hồ Mälaren vào mùa hè năm 1187.[32]

Trung tâm của Stockholm, khu Phố cổ (Gamla Stan) ngày nay được xây dựng ở đảo trung tâm bên cạnh Helgeandsholmen từ giữa thế kỷ 13 trở đi. Thành phố ban đầu đã nổi lên nhờ có thương mại tại Baltic của Liên minh Hanse. Stockholm đã phát triển mạnh các liên kết kinh tế và văn hoá với Lübeck, Hamburg, Gdańsk, Visby, Reval, và Riga trong thời gian này[cần dẫn nguồn]. Giữa năm 1296 và năm 1478 Hội đồng thành phố Stockholm có 24 thành viên, một nửa trong số đó đã được lựa chọn từ những người nói tiếng Đức.

Tầm quan trọng về chiến lược và kinh tế của thành phố đã khiến Stockholm trở thành một yếu tố quan trọng trong quan hệ giữa các Vua Đan Mạch của Liên minh Kalmar và phong trào độc lập quốc gia trong thế kỷ 15. Vua Đan Mạch Christian II đã có thể vào thành phố vào năm 1520. Vào ngày 8 tháng 11 năm 1520 một cuộc thảm sát của những người đối lập được gọi là Nhà tắm máu Stockholm đã diễn ra và bắt đầu các cuộc nổi dậy tiếp theo mà cuối cùng dẫn đến sự tan vỡ của liên minh Kalmar. Với sự lên ngôi của Gustav Vasa năm 1523 và sự thành lập của quyền lực hoàng gia, dân số Stockholm bắt đầu tăng lên, đạt 10,000 người năm 1600.

Thế kỷ 17 chứng kiến ​​Thụy Điển phát triển thành một cường quốc châu Âu, được phản ánh trong sự phát triển của thành phố Stockholm. Từ năm 1610 đến năm 1680 dân số tăng gấp sáu lần. Năm 1634, Stockholm trở thành thủ đô chính thức của đế quốc Thụy Điển. Các quy tắc thương mại cũng được tạo ra đã cho Stockholm một sự độc quyền thiết yếu đối với thương mại giữa các thương gia nước ngoài với các lãnh thổ khác của Thụy Điển và Scandinavia. Năm 1697, lâu đài Tre Kronor bị đốt cháy và được thay thế bởi Cung điện Stockholm.

Năm 1710, một đợt dịch hạch đã giết khoảng 20.000 người (36% dân số).[33] Sau kết thúc của Đại chiến Bắc Âu thành phố trở nên trì trị. Dân số ngừng tăng và kinh tế phát triển chậm lại. Thành phố đã bị sốc sau khi mất vị trí thủ đô của một cường quốc. Tuy nhiên Stockholm vẫn duy trì vài trò là trung tâm chính trị của Thụy Điển và tiếp tục phát triển về văn hóa dưới thời Gustav III.

Vào nửa cuối của thế kỷ 19, Stockholm đã giành lại vai trò kinh tế hàng đầu của nó. Các ngành công nghiệp mới nổi lên và Stockholm đã được chuyển đổi thành một trung tâm thương mại và dịch vụ quan trọng cũng như một điểm đến cửa ngõ quan trọng ở Thụy Điển. Dân số cũng tăng mạnh trong thời gian này, chủ yếu thông qua nhập cư. Vào cuối thế kỷ 19, dưới 40% cư dân ở đây sinh ra tại Stockholm. Việc định cư bắt đầu mở rộng ra ngoài phạm vi thành phố. Thế kỷ 19 đã chứng kiến ​​việc thành lập một số viện khoa học, bao gồm Karolinska Institutet. Triển lãm Nghệ thuật tổng hợp và Công nghiệp Stockholm được tổ chức vào năm 1897. Từ năm 1887 đến năm 1953 tháp điện thoại Stockholm cũ là một điểm mốc; ban đầu được xây để kết nối các đường điện thoại, nó trở nên dư thừa sau khi những đường dây được hạ ngầm, và nó được sử dụng cho việc quảng cáo.

Stockholm trở thành một thành phố hiện đại, phát triển về công nghệ, đa sắc tộc trong nửa sau của thế kỷ 20. Nhiều tòa nhà cổ bị rỡ bỏ trong kỷ nguyên kiến trúc Hiện đại, bao gồm nhiều phần lớn của quận cổ Klara, và được thay thế với kiến trúc hiện đại. Tuy nhiên, nhiều phần khác của Stockholm (ví dụ như Gamla stan, Södermalm, Östermalm, Kungsholmen và Vasastan), nhiều nhà và đường "cổ" xây trước phong trào kiến trúc Hiện đại và chức năng bắt đầu tại Thụy Điển (khoảng 1930–1935) vẫn tồn tại trong kỷ nguyên phá hủy này. Trong suốt thế kỷ, nhiều ngành công nghiệp đã chuyển từ hoạt động thâm dụng sang các lĩnh vực công nghệ cao và dịch vụ nhiều hơn.

Hiện nay, vùng đô thị Stockholm là một trong những vùng phát triển nhanh nhất châu Âu, và dân số của nó được dự đoán đạt 2,5 người năm 2024. Do kết quả của sự tăng trưởng dân số khổng lồ này, đã có dự án xây dựng tòa nhà cao tầng dày đặc ở trung tâm thành phố kết nối bằng lối đi bộ cao tầng được đưa ra.[34]